Управление школой осуществляется в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации, Томской области, муниципальными нормативными правовыми актами и Уставом Учреждения. Структура, компетенция органов Учреждения, порядок их формирования, сроки полномочий и порядок деятельности таких органов определяются Уставом в соответствии с законодательством Российской Федерации. Управление осуществляется на принципах единоначалия и самоуправления. Органы управления, действующие в Школе.
Для осуществления учебно-методической работы в Школе создано три методических объединения. Административно-управленческий аппарат школы включает в себя: - директора - заместителей директора по учебно-воспитательной работе. У каждого члена административно-управленческой команды определена зона ответственности, закрепленная в должностных инструкциях и функциональных обязанностях.
В целях учета мнения обучающихся и родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся в Школе действуют Ученический совет и общешкольный родительский комитет, конфликтная комиссия.
По итогам 2023 года система управления Школой оценивается как эффективная, позволяющая учесть мнение работников и всех участников образовательных отношений.